Au XIVe siècle, dans un Japon médiéval mythique, le jeune Takeo grandit au sein d'une communauté qui condamne la violence, mais elle est massacrée par le clan des Tohan. Takeao est sauvé par Shigeru, du clan des Otori. Il doit suivre son destin . Mais qui est-il?

Takeo, désormais héritier du puissant clan des Otori, s'est engagé à rejoindre les rangs criminels de la Tribu, reniant ainsi son éducation pacifique, abandonnant ce qui lui revient de droit, territoire, fortune et pouvoir, renonçant aussi à son amour pour Kaede.

Après leur union secrète Takeo et Kaede sont plus résolus que jamais à prendre possession de leur héritage et à se venger de Shigeru. Tandis que le jeune homme tente de rallier à sa cause le pirate Fumio Terada, Kaede est victime d'un chantage diabolique.

Takeo et son épouse Kaede font régner la paix et la prospérité sur le royaume des Trois Pays. A n'en pas douter, leur fille de 15 ans, la belle Shigeko, sera une parfaite héritière. Reste un ultime danger : le désir de vengeance de certains membres de la Tribu.

Voici l'enfance des Otori. L'histoire commence lorsque le jeune shigeru s'apprête à devenir l'héritier des Otori.

En 1857, le Japon vit replié sur lui-même. Mais bientôt il sera contraint de s'ouvrir aux influences étrangères. Les Occidentaux forcent la porte d el'ancien monde. La révolution couve. La maiosn de l'arbre joueur n'est pas épargnée par le changement. Tsuru rêve de s'affranchir du poids des traditions en devenant médecin.

Laissé pour mort dans la montagne, le jeune Shikanoko trouve refuge chez un sorcier qui lui fabrique un masque aux immenses pouvoirs magiques. Il devient "l'Enfant du Cerf". Il parlera aux fantômes et aux esprits protecteurs, il apprendra des hommes et des femmes les plus puissants, il connaîtra le raffinement, l'amour et les sentiments les plus purs, mais aussi la bestialité, la cruauté et les machinations politiques...

Le temps n'est pas encore venu de rétablir le véritable empereur sur le Trône du Lotus qui vit caché sous une fausse identité. Shikanoko, le guerrier au masque de cerf, s'est retiré dans le Bois obscur pour pleurer la disparition de la princesse de l'automne. Il a ainsi rejeté les cinq fils mi-hommes mi-démons dont on lui avait confié l'éducation.

Le véritable empereur s'est retiré du monde et le seigneur du clan adverse est mourant. Alors que l'ombre de la mort menace l'Empire des Huit-Iles, Shikanoko, qui s'est retiré au confins du pays, doit revenir livrer un dernier combat pour la justice.